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土地转让协议中关于税款负担条款，只要双方的意思表示是真实的，该约定并不会造成国家税款的流失，这种约定不违反法律的强制性规定，因此约定税款具体由谁来负担是当事人意思自治的范畴，不影响合同的效力。
一、2011年2月，巴州银盛房地产开发有限公司（“银盛公司”）与新疆京中房地产开发有限责任公司（“京中公司”）签订《土地转让协议》，约定银盛公司将某商业用地转让给京中公司，土地转让所发生的所有税金由京中公司承担。二、2011年7月，双方签订《土地转让补充协议》，约定“土地转让所发生的所有税金由京中公司承担”是指：除京中公司应承担的税金外，还包括契税及银盛公司应交的营业税、土地增值税、所得税等相关税金。在京中公司办理土地过户前，应将上述税金打入银盛公司账户。三、银盛公司以京中公司欠付转让费及其他费用为由，向巴音郭楞州中院提起诉讼，诉请京中公司支付土地转让费及其他费用（包括银盛公司已垫付的税费），巴音郭楞州中院判决支持了银盛公司的诉求。 四、京中公司不服巴音郭楞州中院判决，向新疆高院提起上诉，新疆高院判决驳回上诉，维持原判。 五、京中公司不服新疆高院判决，向最高法院申请再审。最高法院裁定驳回再审申请。
虽然依法纳税是法律的强制性规定，但是最高法院裁定认为约定土地转让税款由谁负担是当事人的意思自治的范畴，因为税款负担条款只是改变了承担税负的具体主体，并不是为了逃避纳税、也不会导致国家的税款流失，故税款负担条款并不违反法律关于依法纳税的强制性规定。因此京中公司主张税款负担条款因违反法律的强制性规定而无效，法院不予支持，因此京中公司败诉。
前事不忘、后事之师。为避免未来发生类似败诉，提出如下建议：
当事人拟在土地转让协议中约定税款负担条款时，负担税款的一方一定要慎重，只要意思表示真实，签订协议后再企图主张税款负担条款因违反法律的强制性规定而无效，法院不会支持。
第三条 居民企业应当就其来源于中国境内、境外的所得缴纳企业所得税。非居民企业在中国境内设立机构、场所的，应当就其所设机构、场所取得的来源于中国境内的所得，以及发生在中国境外但与其所设机构、场所有实际联系的所得，缴纳企业所得税。非居民企业在中国境内未设立机构、场所的，或者虽设立机构、场所但取得的所得与其所设机构、场所没有实际联系的，应当就其来源于中国境内的所得缴纳企业所得税。
第二条 转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物并取得收入的单位和个人，为土地增值税的纳税义务人，应当依照本条例缴纳土地增值税。
（一）一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益；
以下为该案在法院审理阶段，判决书中“本院认为”就该问题的论述：
关于税款的数额和承担问题。（一）关于税款的数额问题。一审时，银盛公司就已经提交了缴纳营业税、土地增值税、企业所得税的付款凭证，税款系按照税务机关的要求缴纳，不存在逃税、避税的情形，京中公司主张税款认定数额错误，却不能提交证据推翻税务机关的认定，故其该项主张不能成立。（二）关于税款负担条款的效力问题。从一、二审以及申请再审的情况看，京中公司不否认双方协议中关于税款负担条款的真实性，只是主张该行为违反了法律强制性规定，应认定无效，故双方关于税款负担条款的意思表示是真实的，同时，该约定不违反法律的强制性规定，只要国家的税款不流失，约定由谁来负担是当事人意思自治的范畴，与合同的效力无关。故京中公司关于税款负担条款应认定无效的主张不能成立。
最高人民法院，新疆京中房地产开发有限责任公司与巴州银盛房地产开发有限公司建设用地使用权转让合同纠纷申请再审民事裁定书[（2015）民申字第2282号] 
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